Nel corso del 2013, al Terminal 3 è stata riconfigurata l'area dei controlli sicurezza con l'allineamento di 21 macchine per il controllo del bagaglio a mano, tutte dotate di rullierenuove di ben 6 metri di lunghezza prima dei controlli per agevolare il passeggero nella preparazione al controllo e 4 metri dopo il controllo radiogeno per rendere agevople la ri-vestizione al passeggero. Questo nuovo lay out è stato studiato al fine di consentire un afflusso di passeggeri verso i portali metal detectorpiù agevole e più fluido, riducendo i colli di bottiglia e rendendo il processo in più rapido ma, al contempo, incrementando la Sicurezza erogata. Le nuove postazioni di controllo, infetti,migliorano l'accesso all'area sterile, garantendo una significativa riduzione del tempo di attesa attraverso controlli sempre più efficaci e veloci.
Oggial Terminal 3 siamo in grado di eseguire i controlli per l'accesso all'area sterile di oltre2.500 passeggeri l'ora; dall'inizio del 2012il tempo di attesa ai varchi per il 90% dei passeggeriè diminuito su base semestrale da 13 a 6 minuti migliorando le performance della security di oltre il 40%. I tempi di attesa sono ora destinati a ridursi ulteriormente, attestandosi sui livelli dei migliori aeroporti europei: nei 4 mesi da Novembre a Febbraio, infatti, le performance si sono attestate nell'intorno dei 4 minuti. Tutta l'area è stata completamente ristrutturata sotto il profilo architettonico con nuove pavimentazioni, controsoffitti e rivestimenti. L'impianto di illuminazione è stato completamente rinnovato, come quello per il condizionamento, che è stato potenziato. Sono stati sostituiti tutti gli arredi dell'area oltre i portali, in modo da coniugare il design alle esigenze operative delle postazioni.

E' stata riconfigurata anche l'area passaporti in modo da agevolare i flussi dei passeggeri verso i controlli della Polizia di Stato. I lavori - realizzati grazie alla collaborazione di tutti gli Enti di Stato - hanno visto anche il completo restyling delle cabine di controllo che ospitano gli agenti.

Nel Dicembre del 2013 sono state istallate al Terminal 1 due linee di test per la gestione dei flussi di passeggeri che devono accedere in area sterile effettuando il controllo proprio e del loro bagaglio a mano. Entro l'Estate del 2014 verrà completata la sostituzione delle linee di controllo attuali con 10 linee nuove (oltre alle due di test già in uso da Dicembre). La peculiarità di questo sistema è che consente flussi di passeggeri ancora più semplici e rapidi, eliminando la maggior parte delle cause di rallentamento nel flusso che penalizzano le linee attuali ma, nello stesso tempo, incrementando il livello complessivo di sicurezza. Ad esempio il nuovo sistema consente di separare  dopo il controllo radiogeno, il bagaglio contenente oggetti sospetti, deviandolo su una linea secondaria che lo allontana dal passeggero e lo porta direttamente all'addetto di Sicurezza che deve controllarne il contenuto. Dopo i controlli e una volta che il passeggero ha ripreso il contenuto delle vaschette, un sistema di ritorno automatico delle stesse, un lay out diverso che consente maggiore spazio per gli addetti, una maggior lunghezza delle rulliere e una complessiva silenziosità dell'apparato, rendono queste nuove linee di controllo migliori delle attuali e più efficienti.